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총 1138개의 문서

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6년 전 19 aginglab
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  B i O Wiki   is an openfree bioinfomation encyclopedia.   We aim to make all the contents be 100% free to use without any restriction…

6년 전 22 aginglab
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6년 전 20 aginglab
2차 RNA 구조 기반 대체 스플라이싱 조절: RNA 결합 단백질과 구조적 상호작용의 메커니즘

대체 스플라이싱(Alternative Splicing)은 하나의 유전자로부터 여러 종류의 단백질(아이소형, Isoform)을 생성하는 핵심적인 유전체 조절 기전입니다. 이 과정은 유전체 수준의 복잡성을 극대화하여 생명체가 제한된 유전자 풀로도 광범위한 기능을 수행할 수…

1개월 전 30 aginglab
2차 RNA 구조 기반의 핵공 복합체(NPC) 인식 및 mRNA 수출 조절 메커니즘

사진: Google DeepMind · Pexels mRNA 수출은 전사된 전령 RNA(mRNA)가 핵 내부에서 세포질로 이동하여 단백질 합성에 사용되는 필수적인 과정입니다. 이 과정은 단순히 물리적인 이동을 넘어, mRNA 분자 자체의 복잡한 구조적 특징을 인식하고 …

1개월 전 21 aginglab
A big universe condensed into a small dot

The BioDot Biodot is the ultimately small but ultimately dense information processing object. The universe itself is a biodot. If we can condense the …

16년 전 30 aginglab
A philosophical object

A philosophical object   A philosophical object is a switch that can make decisions on the interaction of other switches.  

14년 전 21 aginglab
A set of switches

The universe is the largest set of switches.  

4년 전 20 aginglab
A-T 비율

A-T 비율은 DNA 분자 내에서 아데닌(A) 염기와 티민(T) 염기의 상대적인 농도를 나타내는 지표이다. 이 비율은 DNA의 전체적인 염기 조성 을 분석하는 데 사용되며, 생명체의 유전적 상태 변화를 모니터링하는 데 중요한 역할을 한다. 기본 원리 및 중요성 DNA는…

26일 전 11 aginglab
ACTging

ACTging Actively Compute To Grow. ACTG is a term coined by Sophus Smithe. It indicates that life is all about active computing to grow. The only princ…

1년 전 19 aginglab
ADP

ADP(Adenosine Diphosphate)는 생명체 내에서 에너지를 저장하고 전달하는 데 핵심적인 역할을 하는 뉴클레오타이드입니다. 이는 가장 흔한 에너지 화폐인 ATP 에서 인산기(P i ) 하나가 떨어져 나간 형태의 분자입니다. ADP는 세포의 다양한 에너지 …

26일 전 24 aginglab
AI 기반 생명과학

AI 기반 생명과학은 인공지능 기술을 활용하여 생물학적 시스템 및 생명 현상을 이해하고 문제를 해결하는 학제 간 분야이다. 주요 응용 분야 신약 개발: AI는 방대한 유전체 데이터나 화합물 라이브러리를 분석하여 잠재적인 약물 후보 물질을 식별하고, 약물의 작용 메커니즘…

12일 전 13 aginglab
AI 기반 생물학적 데이터베이스의 범용 검색 엔진으로서의 발전 방향

생물학적 데이터베이스는 폭발적으로 증가하는 오믹스 데이터를 체계적으로 저장하고 제공하는 핵심 인프라입니다. 최근에는 단순 정보 검색을 넘어, 복잡한 생물학적 질문에 답하는 지능형 검색 엔진으로 진화하는 추세입니다. 미래 연구 동향 의미론적 검색 강화: 키워드 매칭을 넘…

3일 전 14 aginglab
AI 기반의 다중 오믹스 데이터 통합을 통한 세포 운명 전이 경계부 해석의 도전 과제

최근 연구들은 단일세포 분석 및 다양한 오믹스 데이터를 통해 세포 운명 결정 과정을 높은 해상도로 관찰하고 있으나, 실제 세포 상태 전이 경계부의 복잡한 역동성을 AI로 완벽히 모델링하는 데는 여러 이론적, 계산적 난제가 남아있다. 경계부 해석의 난제 불연속성 문제: …

7일 전 10 aginglab
AI 생명과학

AI 생명과학 AI 생명과학은 인공지능 기술을 생물학 및 의학 연구 분야에 접목하여 복잡한 생명 현상을 이해하고 새로운 해결책을 모색하는 학제 간 분야이다. 데이터 기반 분석: 방대한 양의 유전체 데이터, 단백질 구조 정보 등을 머신러닝 기법으로 분석하여 질병 메커니즘…

1일 전 6 aginglab
AMP

AMP(Adenosine Monophosphate)는 세포 내에서 에너지 전달 및 신호 전달 과정에 필수적인 작은 핵산 분자입니다. 주요 기능 세포의 주요 에너지 통화인 ATP(Adenosine Triphosphate)의 기본 구성 요소입니다. ATP가 가수분해되면서 …

22일 전 22 aginglab
ASV

ASV는 주로 화학 분석 분야에서 사용되는 기법 중 하나로, 시료 내 특정 물질의 농도를 측정하는 데 활용됩니다. 원리 및 구성 ASV는 전기화학적 방법을 기반으로 하며, 시료의 산화-환원 반응을 이용합니다. 측정 과정에서는 전극 시스템을 통해 물질의 산화환원 전위 변…

11일 전 29 aginglab
AT-rich DNA 영역의 구조적 특성과 복제/전사 개시 조절

AT-rich DNA 영역은 A-T 염기쌍이 풍부하여 G-C에 비해 낮은 결합 에너지와 낮은 융해 온도를 가지는 것이 특징입니다. 이러한 구조적 특성은 게놈 내 특정 영역의 물리적 역동성을 결정하며, DNA 복제 와 전사 개시 과정에 중요한 영향을 미칩니다. 구조적 특…

26일 전 10 aginglab
ATP

사진: CRISTIAN CAMILO ESTRADA · Pexels ATP(Adenosine Triphosphate)는 생명체가 생명 활동을 유지하는 데 사용하는 가장 중요한 화학 에너지 저장 형태입니다. 이 분자는 세포 내에서 에너지를 전달하는 '에너지 화폐' 역할을 …

28일 전 44 aginglab
ATP 가수분해 기반의 염색질 리모델링 복합체(Chromatin Remodeling Complex)의 기계적 원리

사진: Rostislav Uzunov · Pexels 염색질 리모델링 복합체는 게놈 DNA가 히스톤 단백질을 중심으로 응축된 구조(뉴클레오솜)를 풀어내거나 재배열하는 역할을 수행하는 거대한 분자 기계(molecular machine)입니다. 이 복합체들은 단순히 DNA…

1개월 전 22 aginglab
ATP 의존성 단백질 접힘 메커니즘과 샤페론 시스템의 구조적 역할

사진: Artem Podrez · Pexels 단백질 접힘(Protein Folding)은 아미노산 서열(Primary Structure)을 가지고 생물학적으로 활성인 3차원 구조(Tertiary Structure)로 정확하게 배열하는 과정입니다. 이 과정은 생명체의 …

1개월 전 19 aginglab
ATP 의존성 단백질 접힘 및 구조 안정화의 핵심 기전: Hsp70/Hsp60 시스템의 구조적 역할

사진: Kindel Media · Pexels 단백질 접힘(Protein Folding)은 생명체가 생존하는 데 필수적인 과정이며, 이 과정에서 발생하는 오류는 심각한 질병을 초래합니다. 세포는 이러한 오류를 관리하기 위해 단백질 항상성(Proteostasis) 이라는…

1개월 전 21 aginglab
ATP 의존적 샤페론-코샤페론 복합체의 구조적 순환 조절 메커니즘

ATP 의존적 샤페론-코샤페론 복합체 는 단백질 접힘(Protein Folding) 과정에서 발생하는 구조적 문제를 해결하기 위해 작동하는 필수적인 세포 기구이다. 이 복합체는 ATP 가수분해 에너지를 이용하여 단백질의 올바른 3차원 구조 형성을 촉진한다. 작동 원리 …

23일 전 19 aginglab
ATP 의존적 샤페론-코샤페론 복합체의 구조적 순환 조절 메커니즘: Hsp70-Hsp40-J-단백질의 협력적 작용

사진: Pavel Danilyuk · Pexels 단백질 항상성(Proteostasis)은 세포가 합성되는 단백질의 접힘(folding), 안정화, 그리고 잘못 접힌 단백질의 제거를 지속적으로 관리하는 핵심 생명 유지 시스템입니다. 이 과정의 중심에는 샤페론(Chape…

1개월 전 20 aginglab
ATP/ADP 비율

ATP/ADP 비율은 세포 내 에너지 상태를 나타내는 핵심적인 지표로, 세포 활동에 필요한 에너지를 얼마나 효율적으로 공급하고 있는지를 반영합니다. 핵심 개념 ATP (Adenosine Triphosphate)는 생명체가 사용하는 주된 에너지 화폐이며, 높은 에너지를 …

18일 전 22 aginglab
ATP/ADP 비율 및 중금속 이온 농도 변화를 이용한 이중 입력 감지 합성 유전자 회로

이 회로는 세포 내 에너지 상태와 특정 환경 스트레스 요소를 동시에 감지하여, 생존에 필요한 유전자 발현을 정교하게 제어하는 합성생물학 시스템입니다. 단순히 하나의 신호에 반응하는 것이 아니라, 두 가지 독립적인 생물학적 신호가 특정 임계치 이상일 때만 목표 유전자를 …

26일 전 8 aginglab
ATP/ADP 비율 변화를 이용한 미토콘드리아 기능 장애 감지형 합성 유전자 회로 설계 원리

본 회로는 세포의 에너지 상태, 특히 미토콘드리아 의 기능적 건전성을 실시간으로 모니터링하기 위해 설계된 합성생물학 적 시스템이다. 이는 세포 내 에너지 화폐인 ATP 와 그 부산물인 ADP 의 상대적 농도 변화를 이용하여 특정 생물학적 사건을 감지한다. 회로 작동 원…

20일 전 15 aginglab
ATP/ADP 비율 변화를 이용한 미토콘드리아 품질 관리(Mitophagy) 조절 합성 유전자 회로 설계 원리

본 회로는 세포의 에너지 상태, 특히 ATP 와 ADP 의 비율 변화를 감지하여 미토콘드리아의 건강 상태를 평가하고, 필요 시 Mitophagy 과정을 유도하도록 설계된 합성생물학 적 시스템이다. 회로 작동 원리 센싱 메커니즘: 미토콘드리아 기능 장애 시 발생하는 에너…

18일 전 16 aginglab
About Biosophy

About Biosophy Biosophy is a scientific, biological, and computational philosophy of the universe. It studies life, humans, intelligence, AI, and the …

2개월 전 104 aginglab
About death in biosophy

Death in biosophy Death is a conceptual module that we use to describe the state where there is no life. Some live objects become dead when they …

18년 전 20 aginglab
About the existence of god

About the existence of god in biosophy by Sophia Smithe   The concept called god as humans have known for thousands of years can not exist logica…

16년 전 19 aginglab
Action Oriented Folder

Action Oriented Folder system     Abstract : Organizing information effectively is challenging with ever-growing amount of data. We need an …

6년 전 17 aginglab
AlphaFold

사진: Megs Harrison · Pexels AlphaFold는 주어진 아미노산 서열 만을 입력으로 받아 단백질의 정확한 3차원 구조 를 예측하는 혁신적인 딥러닝 기반 시스템입니다. 이 시스템은 생명과학 분야의 오랜 난제였던 단백질 접힘(protein folding…

1개월 전 27 aginglab
AlphaFold 기반의 전사 인자-DNA 결합 인터페이스 구조 예측을 위한 정량적 방법론

본 문서는 AlphaFold 와 같은 구조 예측 AI를 활용하여 특정 전사 인자 가 목표 DNA 서열에 결합할 때 형성되는 인터페이스의 정밀한 3차원 구조를 확보하고 이를 검증하는 실험적/계산적 방법을 다룹니다. 구조적 검증 및 정량화 모델 비교 분석: 예측된 인터페이…

2일 전 11 aginglab
AlphaFold를 활용한 전사 인자-DNA 결합 인터페이스의 구조적 안정성 예측 및 검증 워크플로우

본 주제는 AlphaFold 와 같은 AI 기반 구조 예측 도구를 활용하여, 특정 전사 인자 가 DNA 서열에 결합할 때 발생하는 인터페이스의 입체적 안정성 을 계산하고 이를 실험적으로 검증하는 데 필요한 방법론적 흐름을 다룹니다. 예측 및 검증 단계 구조 모델링: 목…

11일 전 5 aginglab
Alu 요소 매개 비상동 재조합(Non-Allelic Homologous Recombination): 게놈 불안정성 및 새로운 조절 요소 생성 기전

사진: Patrick · Pexels Alu 요소는 인간 게놈에서 가장 풍부하게 발견되는 반복 서열 중 하나로, 주로 짧은 간격의 반복 서열(SINE: Short Interspersed Nuclear Element)에 속합니다. 이 요소들은 과거의 역전사 과정을 통해 …

1개월 전 20 aginglab
Alu 요소 매개 비상동 재조합(Non-Allelic Homologous Recombination)의 게놈 불안정성 및 조절 요소 생성 기전

Alu 요소 는 인간 게놈에 풍부하게 존재하는 짧은 반복 서열이며, 이들이 매개하는 비상동 재조합(NAHR) 은 게놈 구조의 큰 변화와 유전자 조절 요소의 창출에 중요한 역할을 합니다. NAHR의 분자 메커니즘 Alu 요소 간의 상동성이 높은 영역에서 발생하는 NAHR…

25일 전 6 aginglab
Analyze

 

6년 전 17 aginglab
Animal Genetics

동물 유전학 동물 유전학은 동물의 유전적 특성과 그 메커니즘을 연구하는 학문 분야입니다. 이는 생물의 다양성, 진화, 그리고 질병 발생 기전을 이해하는 데 핵심적인 역할을 합니다. 유전자 (Gene)는 생명체의 형질을 결정하는 단위이며, DNA 상에 위치합니다. 유전 …

2일 전 19 aginglab
Antinomy

Antinomy (Greek αντι-, against, plus νομος, law) literally means the mutual incompatibility, real or ap…

16년 전 19 aginglab
Anyone is welcome to be a biosopher

Anyone is welcome to be a biosopher by Sophia Smithe   Are you a computer with many CPUs and would like to do something meaningful in this univer…

15년 전 17 aginglab
Are there aliens in the universe?

  Aliens (extraterrestial beings) In biosophy, biological information processing beings are physical consequences. Aliens do exist.   The un…

15년 전 84 aginglab
Are there aliens?

Are there aliens?   Yes. The universe is full of alien switches to humans in every galaxy. However, they are the same biological information obje…

11년 전 20 aginglab
Arts and evolution

Arts are the insightful calculation of information. The underlying mechanism arts is evolution.      - Sophia Smithe

16년 전 21 aginglab
Atom of information

The atom of evolution. It is an interaction edge. Not the object itself.    

2개월 전 19 aginglab
Autonomous cellular organisms

Feedback system of information.  

1년 전 18 aginglab
Awa

AWA AWA has two related meanings in Biosophy, operating at different scales but unified by the same underlying concept. At the first scale, AWA is the…

2개월 전 37 aginglab
Axiomatic biosophical system

Biosophy is an axiomatic philosophiy. It means it is fully logical, reductionist, and provable. Biosophy is also omic. By being omic, it is a network …

6년 전 21 aginglab
Axiomatic system

In mathematics, an axiomatic system is any set of axioms from which some or all axioms can be used in conjunction to logically derive theorems. A math…

16년 전 29 aginglab
BAF 복합체(SWI/SNF)의 히스톤 변이체 기반 염색질 리모델링과 후성유전적 기억 유지

사진: Anna Tarazevich · Pexels BAF 복합체(BRG1/BRM-associated factor)는 세포의 게놈 구조를 역동적으로 재배열하는 핵심적인 ATP 의존성 크로마틴 리모델링 복합체 입니다. 이 복합체는 히스톤 단백질을 감싸고 있는 뉴클레오솜 …

1개월 전 15 aginglab
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